2007年5月，新余市孔目江生态经济区（原新余市毓秀山管理委员会，后并入新余市仙女湖风景名胜区管理委员会管辖）同意成立江西孔目江国家湿地公园管理处，为孔目江生态经济区正科级事业单位，工作人员6人，截止目前，工作人员已增至9人，其中研究生学历的2人，本科学历4人，大专学历3人。目前湿地公园土地权属明确，土地使用经营权无争议，在新余市人民政府和仙女湖区管委会的大力支持下，江西孔目江国家湿地公园管理处具体负责湿地公园的规划、保护、开发、建设、管理和协调等工作。 为加强依法管理孔目江湿地的工作，制定了相关内部管理制度，建立健全了工作例会制度、学习制度、督查制度等长效工作机制。 2012年，制定了江西孔目江国家湿地公园管理规定和江西孔目江国家湿地公园管理处工作制度，从政策和制度层面上加强了对孔目江湿地公园的科学与规范管理。