江西孔目江湿地公园及周边山林发现脊椎动物共196种，隶属于28目68科，其种数为江西已知脊椎动物总数的23.14%。其中鱼类有5目14科65种，种数占江西已知鱼类的31.71%；两栖动物有1目5科11种，其种数为江西已知两栖动物的27.50%；爬行动物有2目8科21种，其种数为江西已知爬行动物的27.27%；鸟类有15目31科84种，其种数为江西已知鸟类的20.00%；哺乳动物有5目10科15种，其种数为江西已知哺乳动物的14.29%。 孔目江国家湿地公园野生动物中，国家Ⅱ级重点保护野生动物13种，占江西的19.4%；省级重点保护动物42种，占江西省总数的37.8%；列入《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》的两栖动物、鸟类和兽类达93种；列入《濒危动植物种国际贸易公约》的鸟类9种，兽类3种，两栖、爬行类2种，共计14种；被《中国濒危动物红皮书》评为濒危级别的物种有7种；特别值得一提的是，孔目江国家湿地公园有不少中国与日本、中国与澳大利亚共同保护的候鸟，列入中日保护协定的有23种，列入中澳保护协定的有8种。